O processo de certificação orgânica segue um fluxo estruturado de avaliação da conformidade. Algumas etapas podem variar conforme a norma ou mercado de destino, mas, de forma geral, o processo ocorre da seguinte forma:

• Contratação do serviço
• Definição do escopo da certificação e das normas orgânicas que serão avaliadas (Brasil e/ou mercados internacionais).
• Envio e análise da documentação
• Preenchimento das informações obrigatórias sobre a produção, manejo, insumos utilizados e processos produtivos.
• Preparação e realização da auditoria
• Auditoria conduzida por auditor qualificado para avaliar o cumprimento dos requisitos da norma orgânica aplicável.
• Análise técnica e decisão de certificação
• Os resultados da auditoria passam por avaliação técnica independente. Caso todos os requisitos sejam atendidos, a certificação é concedida.
• Registro e reconhecimento oficial
• Dependendo da norma certificada, o operador pode ser incluído em listas públicas ou bases oficiais de operadores orgânicos, como o CNPO – Cadastro Nacional de Produtores Orgânicos, no caso da certificação conforme a legislação brasileira.
• Manutenção da certificação
• A certificação exige acompanhamento periódico e auditorias de manutenção, conforme as regras de cada programa ou regulamento.
• Renovação da certificação
• A continuidade da certificação ocorre mediante novo processo de avaliação dentro do ciclo definido pela norma aplicável.