El proceso de certificación orgánica sigue un flujo estructurado de evaluación de la conformidad. Algunas etapas pueden variar según la norma o el mercado de destino, pero, de forma general, el proceso ocurre de la siguiente manera:

• Contratación del servicio
• Definición del alcance de la certificación y de las normas orgánicas que serán evaluadas (Brasil y/o mercados internacionales).
• Envío y análisis de la documentación
• Cumplimentación de la información obligatoria sobre la producción, manejo, insumos utilizados y procesos productivos.
• Preparación y realización de la auditoría
• Auditoría llevada a cabo por un auditor cualificado para evaluar el cumplimiento de los requisitos de la norma orgánica aplicable.
• Análisis técnico y decisión de certificación
• Los resultados de la auditoría se someten a una evaluación técnica independiente. Si se cumplen todos los requisitos, se concede la certificación.
• Registro y reconocimiento oficial
• Dependiendo de la norma certificada, el operador puede ser incluido en listas públicas o bases oficiales de operadores orgánicos, como el CNPO – Cadastro Nacional de Produtores Orgânicos, en el caso de la certificación conforme a la legislación brasileña.
• Mantenimiento de la certificación
• La certificación requiere seguimiento periódico y auditorías de mantenimiento, de acuerdo con las reglas de cada programa o regulación.
• Renovación de la certificación
• La renovación de la certificación se lleva a cabo mediante un nuevo proceso de evaluación dentro del ciclo establecido por la norma aplicable.